成熟后的富硒水稻经检测硒含量达到国家富硒标准，即可称为富硒水稻。 这种有机硒是无毒的，容易被人体吸收。中国营养学会建议正常人每天需要补充微量元素硒50微克。 还有一种水稻硒肥是无机硒制成的，无机硒的成分98%是亚硒酸钠，不易被作物吸收，通常需要使用多次，使用量比有机硒要大很多， 无机硒是有较大毒性的，早在19世纪中期，国外一些发达国家早就严令禁止使用无机硒。 然而国内因为还没有明文规定，致使国内一些小作坊工厂还在使用无机硒。 真正大品牌大企业生产的水稻硒肥，不仅没有毒，而且对水稻生长过程中还具有非常大的作用和影响， 水稻硒肥作用有增加抗病性、拮抗重金属、增强植株体内抗氧化能力，促进生长、增产增收，提高水稻有机硒含量等等。
水稻硒肥对于水稻的最大影响是直接提高了水稻的产品价值，富硒水稻比普通的水稻硒含量高几十倍， 普通水稻市面上售价每斤在2-3元，而富硒水稻每斤在5-20元不等，硒含量越高卖价越贵。 而水稻硒肥的成本每亩地只需要60多元，平均每斤大米用的水稻硒肥成本只有几分钱， 小投入大回报，这也使得很多地区的农民以及合作社选择种植富硒大米，可见水稻硒肥对水稻的影响是非常大的。
