一般说来，按富硒农产品中硒的来源进行区分，富硒农业可以分为天然富硒农业和外源富硒农业两种；若按富硒农产品所含硒农业的种类划分，富硒农业可分为富硒种植业、富硒养殖业、富硒加工业三类。
富硒农业的发展对硒元素有很强的依赖性，无论在国外还是国内，富硒农业都是先在土壤富硒区发展，然后再慢慢向缺硒地区扩展。由于硒缺乏，我国大部分地区仍有硒含量较高的地区，在高硒地区有效开发硒资源，为平衡富硒区居民硒摄入量过低、缺硒地区居民硒摄入量不足的问题，我国大部分地区仍有硒摄入量不足的问题。
生物技术对富硒农业的发展具有很强的依赖性。富硒农业，实际上是通过生物转化，把环境中的硒转化成有益于人体健康的有机硒形式。富硒区和缺硒区对富硒技术的要求也有差别。富硒农产品中的硒含量主要是控制富硒农产品重金属含量，缺硒区还需要控制农产品中硒含量的稳定性，而硒营养强化剂的开发则要考虑植物所需的富硒肥和动物所需的富硒饲料。对于农作物和动物来说，不同形态的硒效应是不同的，不同作物和动物对硒的吸收和转化效率有很大的差别，所以在将硒营养强化剂投入市场之前，需要做很多科学实验。
富硒农业是功能农业，与人类健康密切相关。伴随着我国某些慢性疾病的发病率逐步上升，我国出现了老龄化趋势，人们已不再仅仅满足于温饱，更多地关注营养健康、功能农产品的发展。
伴随着富硒农产品总量增加、品种丰富、消费升级的变化，富硒食品、富硒蔬菜、富硒水果、富硒畜禽产品逐步走向加工。富硒农产品加工技术要求很高，主要有富硒作物和动物原料标准控制、加工处理技术、加助剂、贮藏和终端产品质量控制等。
