食用菌富硒栽培的多种方式，目前，国内外已对多种食用菌进行了富硒栽培研究及生产，诸如：金针菇、平菇、灵芝、猴头菇、木耳、香菇、茶树菇、秀珍菇、鸡腿菇等。由于不同食用菌对硒的耐受力和富集力不同且差异较大，所以在生产中常常根据品种的特性进行硒的添加。通过综合考虑硒的添加方式、生产方式、添加量、菌体（丝）产量、富集力、回收率、生产成本和安全性，来确定具体菇种的生产方式。
常见的硒的添加方式有：添加硒肥实现转化或以天然富硒原料（杂木、麸皮）作为培养料进行栽培。后者是目前的研究热点所在，尤其是在富硒地域利用天然的富硒原料、土壤、水进行栽培，具有可持续性、自然特性好、成本低的特点。如：利用富硒大豆进行灵芝菌液发酵；利用富硒原料对香菇、平菇、姬菇进行栽培研究，发现栽培基质含硒量与栽培所得食用菌含硒量成正比。
在生产方式的选择上，通常为液态发酵培养和固态基料培养两种，发酵生产是目前富硒培养的主要方式。发酵生产有周期短、产率高、富集条件易控制等优势，所以众多的食用菌生产厂家均采用此种方式进行大规模生产，相应的发酵条件的摸索也较多。
